Sineklerin Tanrısı, bir grup çocuğun içinde bulundukları savaş ortamından çıkartılmaları amacıyla bindirildikleri uçağın saldırıya uğraması sonucunda düşmesiyle başlar. Kitap her ne kadar bir çocuk kitabı gibi görünse de zamanla anlıyoruz ki Golding, kitaptaki her karaktere ve onların yaşadıkları olaylara bizim de günlük yaşantımızda karşı karşıya geldiğimiz birçok simge yerleştirmiştir. Kötülük ve korku olguları romanda ele alınan ana simgelerdendir. Aslında insanın içindeki korkunun kötülüğe ve vahşete çok kolay bir şekilde dönüşebileceği açıkça vurgulanmıştır.
Kitabın başlarında ana karakterlerden Ralph ve Domuzcuk karşılaşırlar. Ralph, yüksek sınıf bir aileden gelen zeki ve iyi niyetli bir çocuktur. Adaya düşmelerinin, büyüklerden uzak zaman geçirebilmeleri için bir şans olduğunu düşünür. Buna karşın Domuzcuk, alt sınıf sayılan bir aileden gelen oldukça zeki fakat fiziksel özellikleri yüzünde sürekli dışlanmış bir karakterdir. Kilosundan dolayı ona takılan Domuzcuk ismi yüzünden kendi ismini öğrenemiyoruz. Kitabın ilerilerinde de anladığımız üzere domuzcuk, çocukların arasındaki en mantıklı ve akıllıca düşünen kişidir. Domuzcuk, Ralph’ in tam tersine adadan bir an önce kurtulmanın peşindedir.
Her şey Ralf’ in sudan şeytanminaresini çıkarıp adada başka birileri olup olmadığını anlamak için öttürmesi ve diğer çocukların onları bulmasıyla başlar. Yapılan toplantıda alınan karar doğrultusunda bu şeytanminaresi, elinde olan kişiye söz hakkı verecektir. Bu da kitaptaki simgelerden biri olan düşünce özgürlüğünü belirtir.
Bu deniz kabuğu sayesinde çocuklar, Ralph’i oy birliğiyle lider seçmek isterler fakat diğer baş karakterlerden biri olan ve lider ruhlu Jack buna karşı çıkar. Jack’in bir kilise korosunun başı olması onu daha da baskın bir karakter yapmıştır. Lider seçimi sırasında geçen ‘’Kilise korosundakiler, canlarından bıkmış bir uysallık içinde, ellerini kaldırdılar.’’ cümlesinden de anlaşılacağı üzere Jack’in koro üyelerine çok baskı yaptığı ve o çocukların da ona sorgusuz sualsiz bir şekilde itaat ettiğini anlayabiliyoruz. Kendi egosunu tatmin etmek için koro üyesi çocuklara sebepsiz yere işkence eder. Bu özellikleri sebebiyle bazı eleştirmenlere göre Jack, Hitler’i temsilen oluşturulmuş bir karakterdir.
Kitap boyunca iyi yani Ralph ve kötü yani Jack’in arasında anlaşmazlığı deneyimleriz. Ralph lider seçildikten sonra sorumluluklar altında ezilmeye başlar ve o sırada Domuzcuk bir bakıma onun sözcüsü olur ve alınması gereken her kararda ondan fikir alınır.
Yapılan toplantıda alınan karar üzerine adadan kurtulabilmek için tepeye hiç sönmemesi gereken bir ateş yakılır ki gelen gemiler dumanı fark etsin. Bu ateş aslında çocukların içindeki umudu temsil eder. Sonrasında hayatta kalabilmek için barınaklar yapılır. Yiyecek ihtiyaçlarını gidermek için avlanmaya ihtiyaç duyduklarını bilen Jack, ilk başta çok zorlansa da adadaki domuzları avlamaya başlar. İlk domuzun öldürülmesiyle tek umut kaynakları olan ateşin harlanmaması sebebiyle sönmesi aynı zamanda gerçekleşir. Bu olaylardan sonra ilk geldiklerinde cennet dedikleri ada artık bir cehenneme dönüşmeye başlayacaktır.
Yavaş yavaş domuz öldürmekten haz almaya başlayan Jack, artık durdurulması imkânsız küçük bir canavara dönüşür. Fakat gizliden gizliye onu rahatsız eden bir korku vardır içinde. Sanki bir yaratık tarafından tehdit edildiğini düşünür. Bu korkusu gün geçtikçe tüm adadaki çocukları da içine çekmeye başlar. Kendi içinde büyüttüğü canavarın aslında gerçek olduğunu herkese inandırmıştır. Fakat aklın ve mantığın sembolü domuzcuk, bu canavar dedikodularına kulak asmaz ve asıl korkulması gereken şeyin insanlar olduğunu savunur. İlk başlarda canavara inanmayan Ralph, gece yarısı dağda korkunç bir siluet görüp üstüne de sesler duyunca o da artık kormaktadır. Fakat bilmezler ki canavar sandıkları o şey aslında bir savaş uçağından düşen ölü bir pilottur ve ağaca takıldığı için her esintide sanki canlıymışçasına hareket eder. Bu pilot yüzünden orada ateş yakma şansları kalmaz. Her ne kadar domuzcuk sahilde ateş yakmayı önerse de ateş yakabilmeleri için gerekli olan Domuzcuk ’un gözlüğü Jack tarafından avlarını pişirmek için çalınmış ve kırılmıştır. Bu da onların sahip olduğu tüm umudun yıkılmasına sebep olmuştur. Bu noktadan sonra içlerinde büyüyen korku onları kötüleştirmeye ve iki karakter arasındaki uçurumu daha da derinleştirmeye başlar.
Jack yönetim sistemine ve lidere karşı çıkarak kendi ‘’kabilesini’’ kurar. Et yemek isteyenleri kendi tarafına çeken Jack, artık ne şeytanminaresine ne de oy birliğine uymaktadır. ‘’Üstelik o deniz kabuğu geçerli değil adanın bu ucunda…’’(sf184) diyen Jack, Ralph’i ve demokrasiyi hiçe sayar.
Kitaptaki aslında karakter olarak görülmeyen fakat ana karakter olarak sayabileceğimiz korkunun ve kötülüğün ana sembolü bir domuz başı vardır. Kitabın sonlarına kadar isminden bahsedilmeyen fakat adadaki canavara kurban olarak adanan bu domuz başı, Sineklerin Tanrısıdır.
Tüm bu olanların yanı sıra bu canavar olayına inanmayan tek kişi vardır. Simon, kendi içindeki umut ateşi sayesinde diğer çocuklar gibi gecelerden korkmaz. Geceleri herkesten uzaklaşmak için gittiği bir yerde Sineklerin Tanrısıyla karşılaşır. Sineklerin Tanrısı, Simon’ a ‘’Sana yardım edecek kimse yok. Ben varım ancak. Bense, canavarım’’ ve ‘’ Sen biliyordun, değil mi? Sizlerin bir parçası olduğumu biliyordun? Sizlere öyle yakın, öyle yakın, öyle yakınım ki! Her şeyin bozuk gitmesinin nedeniyim ben. Bunu biliyorsun değil mi?’’ diyerek asıl korkulanın kendisi olduğunu ve aslında tüm bu kötülüklere kendi varlığının sebep olduğunu açıklar. Sineklerin Tanrısı, ‘’ Oraya gitsen de gene ancak benimle karşılaşacağını biliyorsun…’’ ve ‘’Seni yok ederiz.’’diye bağırarak aslında adadaki tüm çocukların içindeki varlığından ve onların kalplerine işlemiş bu kötülükten kaçsa da kurtulamayacağını Simon’ a bir kere daha hatırlatır.
Sara nöbeti geçirdikten sonra ayılan Simon, artık adadaki canavarın olmadığından emin adımlarla dağın tepesine çıkar ve ağaçtaki paraşütlü ölü adamı bulur. Daha fazla sallanmasın diye onu çözer ve hızla diğer çocuklara olanları anlatmak üzere yola çıkar. Fakat tam o sırada kopan korkunç bir fırtına diğer çocukların daha da korkmasına yol açar. Bu korkuyu bastırıp üstünlüğünü göstermeye çalışırcasına Jack, kabilesiyle vahşi bir şekilde avlanma dansı yapmaya başlarlar. Tam bu sırada ortalarına atlayan ve bir şeyler anlatamaya çalışan Simon’ ı canavar sanarak canice oracıkta öldürürler.
Her şey Sineklerin Tanrısı’ nın dediği gibi olmuş ve adadaki akıl, mantık ve iyiliğin sembolleri teker teker kalplerini vahşilik bürümüş bu 12 yaşlarındaki çocuklar tarafından yok edilmiştir. İlk başlarda var olan lider olma duygusu ve aslında var olmayan bir canavarın korkusunu uğruna önce akıl ve mantıklarını sonrasında da içlerindeki neredeyse tek iyilik sembolünü yok eden çocuklar, biz insanları çok net bir şekilde ifade etmektedir. İnsanoğlu kendi içinde yaşattığı yaratık yüzünden kendi doğasına karşı çıkamayıp her geçen gün kötüleşir ve bu esnada da etrafındaki ve toplumdaki umut ışıklarını bir bir söndürür.